نیپا وائرس کے حوالے سے پاکستان میں بھی ہائی الرٹ کردیا گیا تاہم ملک میں تاحال کوئی کیس رپورٹ نہیں ہوا جبکہ وفاقی وزارت صحت کے ادارے بارڈر ہیلتھ سروسز نے بھارت میں نیپا وائرس کے پھیلاؤ پر انتباہ اور ایڈوائزری جاری کر دی ہے۔ وزارت صحت کے مطابق ملک بھر کے ہوائی اڈوں، بندرگاہوں اور زمینی سرحدوں پر سخت اسکریننگ کی ہدایت کر دی گئی ہے اور پاکستان آنے والے اور ٹرانزٹ مسافروں کی 100 فیصد اسکریننگ لازمی قرار دے دی گئی ہے اور تمام مسافروں کی تھرمل اسکریننگ اور طبی معائنہ بھی لازم ہے۔ مسافروں کی گزشتہ 21 دن کی مکمل سفری تاریخ کی تصدیق کی ہدایت کی گئی ہے اور نیپا سے متاثرہ یا ہائی رسک علاقوں سے آنے والوں کی خصوصی نگرانی کا حکم دیا گیا ہے، مشتبہ علامات پر مسافر کو فوری آئسولیٹ کرنے کی بھی ہدایت کی گئی ہے۔ مزید بتایا گیا کہ کلیئرنس کے بغیر کسی مسافر کو پاکستان میں داخلے کی اجازت نہیں ہوگی۔ حکام کے مطابق پاکستان میں تاحال نیپا وائرس کا کوئی تصدیق شدہ کیس نہیں ہے جبکہ بھارتی ریاست مغربی بنگال میں نیپا وائرس کے 5 کیسز رپورٹ ہوئے ہیں۔ نیپا وائرس کے پھیلاؤ کے خدشے پر تھائی لینڈ، ملائیشیا، ہانگ کانگ، سنگاپور اور نیپال میں بھی اسکریننگ شروع کر دی گئی ہے۔